public

Views 60

Diabetes GenPir

published by Joan F

Want to create a visual like this?

Get Started

El binomi salut-malaltia és multifactorial. En determinades malalties comunes la component genètica juga una paper important com a factor predictor de  la susceptibilitat.

Valor predictiu de les puntuacions de risc poligènic (PrP) per diabetes:

aplicació en la població del pirineu català

UdL-IRBLleida

CNAG - Parc Científic 

Universitat de Barcelona

Els estudis d’associació genètica (GWAS, de l’anglès Genome whole association study) de variants del genoma (SNPs, de l’anglès single nucleotide polymorphisms) amb malalties comuns, han permès identificar milers de SNPs associats amb malalties d’acord a un model poligènic en que cada variant contribueix amb un efecte additiu a la manifestació de la malaltia.

Puntuacions de risc poligènic (PrP)

Les puntuacions de risc poligènic (PrP) han sorgit com una poderosa eina per predir la susceptibilitat genètica dels individus per manifestar determinades malalties comunes.


Els PrP es calculen en funció del nombre de variants (al·lels) de risc que una persona presenta en el seu genoma i poden ser ponderats tenint en compte l’efecte (odds ratio) de cada al.lel.

Càlcul del PrP

Una mostra representativa de la població del pirineu ha estat analitzada genèticament en aquest estudi. S'ha obtingut informació genètica de més de 850.000 llocs variables del genoma, entre els quals es troben milers de variants de gens associats amb malalties comuns com la diabetes.

Població del pirineu

La diabetes és una malaltia multifactorial en la qual factors ambientals (dieta, estil de vida, edat) i factors genètics juguen un paper determinant. S'estima que la component genètica és responsable del 25-70% de la variabilitat observada en aquesta malaltia i que són molts els gens que hi participen.

Diabetes

Objectiu

Validació de les PrP en la població del Pirineu utilitzant com a model la diabetes tipus 2

En la mostra de 435 participants, 52 persones han estat diagnosticats per Diabetes.  

El genotip d'un determinat subjecte d'estudi per aquestes 128 variants, permet estimar la PrP de cada persona

Basant-nos en la bibliografia * hem seleccionat 128 variants genètiques associades amb diabetes

Les variants seleccionades es localitzen en 56 gens distribuits en diferents cromosomes.

Cada variant té assignat un factor de risc per diabetes. La media dels factors de risc de totes les variants seleccionades es coneix com la puntuació de risc poligènic (PrP).

(*) The NHGRI-EBI GWAS Catalog of published genome-wide association studies, targeted arrays and summary statistics 2019.
Nucleic Acids Research, 2019, Vol. 47

Donat que disposem d'informació genètica de les 128 variants seleccionades de cada un dels participants en l'estudi hem pogut assignar una PrP a cada subjecte.

La mitjana dels valors PrP en els subjectes diagnòsticas de diabetes és superior a la mitjana dels valors PrP del controls (sans)

Un 13.4% dels pacients diabétics es classifiquen en el grup de risc genètic (3.8% alt risc), mentre que només un 4.0% dels controls s'assignen a aquest grup (0.3 alt risc)

faqs 1

Quina és la distribució dels valors PrP en el subjectes amb diabetes comparada amb el controls sans?

Hipòtesi 1 

La distribució de valors PrP és diferent entre les persones diagnòsticades de diabetes i les persones sanes (controls)

Klustall-Wallis test;

p-value 0.0034

faqs 2

Quin és el valor predictiu del PrP per diabetes en la població del pirineu?

Podem mesurar el valor predictiu d'un marcador en funció de l'índex-C o percentage d'àrea sota la curva.


Valors superiors al 50% són indicatius de valor predictiu.

El valor PrP d'un determinat subjecte pot ser utilitzat com una estima del risc de patir diabetes

Hipòtesi 2 

  • l'Index de massa corporal (IMC) i l'edat presenten index-C del 72% i 65% respectivament.


  • L'index-C de la PrP és del 63%

La sensibilitat i l'especificitat de la PrP com a valor predictiu per diabetes és similar a la de factors ambientals que se saben associats amb diabetes com l'edat i l'index de masa corporal (IMC)

Sensibilitat: Percentatge de vertaders positius (malalts) que són detectats com a positius


SensibilitatEspecificitatPrPedatIMCPrP+IMCPrP+Edat00.250.50.75

Especificitat: Percentatge de vertaders negatius (controls) que són detectats com a negatius

faqs 3

Els factors genètics (PrP) i ambientals (edat, obesitat) actuen de manera independent i additiva, i la seva consideració conjunta millora el valor predictiu per diabetes 

faqs 4

La informació sobre la susceptibilitat genètica a diabetes pot ser estimada a partir de les puntuacions de risc poligènic (PrP) obtingudes a partir del genotip de cada individu.


Per extensió, la susceptibilitat genètica a altres malalties comuns, pot ser estimada a partir de les PrP assignades a cada malaltia


A nivell epidemiològic, la distribució dels valors de les PrP en la població ens permet estimar el risc poblacional per una determinada malaltia


La informació aixi obtinguda pot ser de gran interés en salut pública, en el disseny de programes d'atenció poblacional i en la distribució dels recursos sanitàris

Conclusions

© GenPir 2021